1.什么是Reads?
高通量测序平台产生的序列就称为reads。
2.什么是Contig？
拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。
3.什么是Scaffold？
基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。
参考来源：
https://www.jianshu.com/p/117441ac6eb8