功能：
用于有参考基因组存在的比对工具（适用于whole-genome, transcriptome, and exome sequencing data）
用法：
hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_base>
hisat2 [options]* -x <hisat2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sra-acc <SRA accession number>} [-S <hit>]
索引：
-x <hisat2-idx>：参考基因组的index的basename。
比对的数据：
-1 <m1>：针对paired 测序，例子：-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq
-2 <m2>：针对paired 测序，例子：-1 flyA_2.fq,flyB_2.fq
-U <r>：针对unpaired测序
--sra-acc <SRA accession number>：针对SRA数据库的数据。例子：--sra-acc SRR353653,SRR353654
输出：
-S <hit>：输出文件名。（sam文件）
[options]:
--dta-cufflinks:出来的结果更适合cufflinks处理。