1.为什么要做这两步（why）：
indel的重新比对：这是由于比对软件的自身限制，其可能将包括indel的read解释为snp的read，这就导致calling的错误和后面的碱基质量分数的重新校准。
碱基质量分数的重新校准：这是由于测序机器的系统性误差导致的，假设机器能识别5亿个碱基有99%的概率是对，那么也就说有5千万可能是错的，这些错误就可能被作为mutation calling出来，即假阳性。
2.怎么做的（how）：
indel的重新比对：
1.先找到需要重新比对的区域：GATK之RealignerTargetCreator。基本思路是用千人基因组计划里面收集的indel数据来作为模板来找出bam文件里面的indel。
2.重新比对：看哪种比对结果的分数高，就选那一个：GATK之IndelRealigner
碱基质量分数的重新校准：GATK之BaseRecalibrator
BaseRecalibrator是如何识别哪些位点应该矫正的：其只矫正非现有的snp的点，即现有已经公布的snp点认为是正确的，不需要矫正。
参考资料：
1.https://mp.weixin.qq.com/s/LMZgy_8aJ6cm6VGK9Mud2A
2.http://www.biotrainee.com/thread-1402-1-1.html