pysam操作sam文件

 

因为要分析sam文件中序列的情况，因此要对reads进行细分，所以之前想用数据库将sam文件信息存储，然后用sql语句进行分类。后来发现很麻烦，pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块，可以轻松地对reads进行操作。

1.安装Pysam

$ pip install pysam

2.检查是否安装成功

import pysam   		# 注意，此步是进入python交互环境

3.读取bam文件

import pysam
samfile = pysam.AlignmentFile("ex1.bam", "rb")

提取指定区域reads

for read in samfile.fetch('chr1', 100, 120):
     print read

samfile.close()

结果如下：

EAS56_57:6:190:289:82       0       99      <<<7<<<;<<<<<<<<8;;<7;4<;<;;;;;94<;     69      CTCAAGGTTGTTGCAAGGGGGTCTATGTGAACAAA     0       192     1
EAS56_57:6:190:289:82       0       99      <<<<<<;<<<<<<<<<<;<<;<<<<;8<6;9;;2;     137     AGGGGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCAC     73      64      1
EAS51_64:3:190:727:308      0       102     <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<::<<<844     99      GGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGG     99      18      1
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参考资料

pysam API