phred-scale quality score起源于人类基因组计划，最初是用来评估碱基质量分数，后来，被广泛的推广到基因领域的其他内容。
phred-scalequality score表示这件事情做对的可能性，值越高，则做对的可能性越高。一般说来，值可以从0到无穷大。
phred-scale quality score的计算公式：Q=-10 * logE ；Q表示score ,E表示这件事情出错的概率。
下表为一一对应的Q值和E值：
下图为上表的曲线图：
可以看得出来，phred score超过20以后，正确率的曲线趋势于一条无变化的直线，即超过20以后，正确率的变化不大。所以很多事情的阈值都定在Q20,比如常说的下机数据中Q20的比率有多大。
phred-scale quality score最常用于两个地方：
1、碱基质量分数
2、variant quality score，在GATK中是QUAL列。