可以比对apk签名的fingerprint。
假定安装了JDK，如果想查HelloWorld.apk所使用的签名的fingerprint，可以这样做：
1. 查找apk里的rsa文件
（Windows）
> jar tf HelloWorld.apk |findstr RSA
（Linux）
$ jar tf HelloWorld.apk |grep RSA
META-INF/CERT.RSA
2. 从apk中解压rsa文件
jar xf HelloWorld.apk META-INF/CERT.RSA
3. 获取签名的fingerprints
keytool -printcert -file META-INF/CERT.RSA
...
Certificate fingerprints:
MD5: BC:6D:BD:6E:49:69:2A:57:A8:B8:28:89:04:3B:93:A8
SHA1: 0D:DF:76:F4:85:96:DF:17:C2:68:1D:3D:FF:9B:0F:D2:A1:CF:14:60
Signature algorithm name: SHA1withRSA
Version: 3
...
4. 清理工作，删除rsa文件
（Windows）
rmdir /S /Q META-INF
（Linux）
rm -rf META-INF
如果你想知道两个apk是不是用的同一个签名，那比一下它们签名的MD5码（或SHA1码）是不是一样就行了。
本文转自：http://www.zhihu.com/question/20749413
已通过该方法验证应用的签名是否相同；