测序深度和覆盖度（Sequencing depth and coverage）

总是跑数据，却对数据一无所知，这说不过去吧。

 

看几篇文章吧

Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses（只讲二代）

Assembly of large genomes using second-generation sequencing（参考文献）

Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome assembly of small genomes using next generation sequencing data（二代最佳测序深度：50X）

Large Genome Assembly with PacBio Long Reads（已更新）（纯三代最少50X，二三代联合：任意深度，策略不同）

 

回答几个问题：

不同的测序（denovo组装、重测序、转录组、外显子、表观），各对数据的深度和覆盖度有什么要求？

二代和三代在测序深度和覆盖度上的要求有什么不同？

 

four major study designs：

1. de novo genome sequencing
2. genome resequencing
3. transcriptome sequencing
4. genomic location analyses (for example, chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP–seq) and chromosome conformation capture (3C))

 

参考资料：

Question: de novo sequence assembly with extremely high coverage

 

待续~