混合开发:
基于socket的二进制方案：google的protocol buffer，facebook的thrift等
基于http的二进制方案：hessian等（很多，自己查）
基于http的文本方案：restful/web service等等
如果单说.net调java，比如直调jar包，或者直接远程调用，方案也不少，关键词都出来了你就自己搜搜，还真没做过直调jar包的项目，都是java先用上面的方案服务话后再用标准方式调用的
除了已有答案的方法。
我们现在在做的系统是服务器端用Java实现逻辑，用REST公开接口，然后客户端用C#.net来开发Windows Application的富客户端程序。
因为中间过了一道HTTP上的REST，所以就这么搅合到一起了。不知道跟你问的是不是一回事儿。