如下图所示，当选择了Edit → Icons → Show icons hierarchically时，给子节点Subsection 1.2.1添加的图标也同样会显示在其所有的父节点上，并且，它们并不真正属于父节点。所以在选中父节点后尝试将其删除时没有效果。
正确的做法是只能选中创建它的那个子节点后，再将其删除。由于是自己刚将Freeplane从1.3.11升级到了1.5.18，一开始还误以为这是软件的一个bug，以至于退回到先前的版本仍是同样的问题。最后，我才发现是上述菜单选项控制了图标是否以层级的方式显示。