《UNIX编程艺术》一书中提到“UNIX最具特点的程序模块化技法就是将大型程序分解成多个协作进程”。为此，我们在Linux环境下便可以通过管道技术，将多个命令串接在一起、并行执行，充分发挥其组合效力。将如同瑞士军刀般的Linux命令行工具集及其相应的工作方式用在科研中，则可以帮助我们实现诸如测试程序输入文件的批量生成，实验数据的提取、清理、简单的格式化与后处理，以及最终的可视化。
以下列出我常用到的命令行工具：
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find：搜索指定文件，可以用正则表达式来匹配。 -
grep：对信息进行过滤处理。 -
gawk、sed：对信息进行过滤处理与简单编辑。 -
sort：对输入文本信息进行排序，比如，可以按数值大小、字母顺序、版本号顺序进行排序。这个命令对于排序文件名很有用。 -
cut：根据指定的域分格符，对输入文件中的每行文本提取或删除特定的部分。 -
tr：删除信息中指定的字符。 -
xargs：以换行符或空格符对信息进行分割，然后将分解后的每一个元素作为指定命令的参数逐个依次执行。 -
Gnuplot：用于快速制图，查看实验与仿真结果。当数据量很大时，Gnuplot的绘图效率比Python高，且更是远超LibreOffice Calc。 -
head与tail：只显示文件的头部与尾部内容。 -
wc：返回输入文本的行数。