First]前处理
Second]运行MD
Third]后处理
一、获得结构文件-来自实验数据或者某些化学软件工具
1】第一步: 获取并处理pdb文件
从Protein Data Bank下载小肽的pdb文件1OMB.PDB(或点击这里下载). 在Linux下你可使用如下命令:
wget http://www.rcsb.org/pdb/files/1OMB.pdb
二、选择力场，获得力场参数
pdb2gmx -f *.pdb -o *.gro -ignh -ter -water spc
三、构建盒子（editconf），填充溶剂分子（genbox），添加离子（genion）
四、能量最小化Energy Minimination（grompp-->em.tpr；mdrun）
五、温度平衡（NVT），压力平衡（NPT）
六、成品MD模拟
七、结果分析