引言：
- GWAS通过association test来找trait或disease的关联的SNP
- eQTL也是通过关联性来找gene expression相关的locus
- 转录组层面也频繁利用相关性来找某个regulator的target
已经看到问题的核心了，co，就是同时出现（离散），同升同减（连续，positive co）。
co不等于causal，找causal必须要去挖掘其物理上的联系，比如fine mapping就是通过epigenetic的数据来找，基因调控的causal就肯定要做实验。
我发表的几篇paper里也都是用correction来找调控机制，gene expression和AS event。
这里有个不错的教程，找mRNA和lncRNA的调控关系：特定mRNA基因的相关性lncRNA计算
核心就一句话，gene expression的相关性，一行代码即可。
但这篇教程有如下几个亮点：
- 根据pathway缩小计算范围
- 几个R包的灵活运用
- 相关性的P值
以下把其代码跑了一遍：