PubMed文献数据挖掘

 

这里集合了人类目前几乎所有的生物医学的智慧，可以做的东西太多了，就怕你没想象力。

 

第一步：下载数据

# go to pubmed ftp and get files
cat file.list.raw | grep pubmed22 | grep -v md5 | cut -f1 -d' ' > file.names
cat file.names | wc -l
# https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/baseline/
cat file.names | awk '{print "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/baseline/"$0}' > file.list
wget -bi file.list

　　

 

第二步：提取数据

靠NPL提取文献摘要的信息。

 

 

第三步：分析数据

 

 

待续~