主流的研究模型(按高大上和难易程度排名):
- 斑马鱼 Zebrafish
- 细胞系 cell line
- 小鼠模型 mouse in vivo model
- (病人)干细胞模型 (patient) iPSC-based model
- 类器官 organoid model
- 病人组织 primary cells
不要因为自己是搞生信的,就对这些model一点都不在乎,这是你以后吃饭的家伙,实验里面花里胡哨的技能可以不会,但最基本的表型观察,以及取样测序必须会,后面的分析就是咱们的强项。
要根据自己的实力来判断使用什么模型!!!
- 纯新手(没有实验经验,只有一个学生)就用斑马鱼和细胞系,争取能用上小鼠模型,有条件也可以去搞病人的组织,那肯定要搞好医生的关系。
- 有3-5年经验的老手,就可以立足小鼠模型,争取上手干细胞和类器官模型,非常烧钱,需要充足的经费和专业人员的支持。
发育生物学和细胞生物学的疾病/功能研究的基本套路
基本步骤:
- 找一个疾病,比如这里的CCHS,作用:1.联系实际,直接对接临床;2.疾病往往是某一些组件的功能有障碍,遗传疾病则可以直接把(基因-表型-组织/细胞)联系到一起,可以研究的就太多了,先是疾病对应的细胞的功能,以及其中重要分子的调控机制;
- 建立动物模型,开始研究,通常先看表型的差异,抗体染色看特定细胞的差异,以及其他核心功能的检测,确定细胞层面的表型;
- 深入分子机制的研究,一旦细胞级别的表型确定了,基因测序就可以上了,直接分析是哪些核心的调控因子在起作用,找到潜在的药物靶点;
参考:2008 – PNAS - A human mutation in Phox2b causes lack of CO2 chemosensitivity, fatal central apnea, and specific loss of parafacial neurons【Phox2b Ala第一篇】
animal model of CCHS
To produce an animal model of CCHS in which to study the anatomical and physiological basis of the disorder, we have introduced into the mouse the most frequent PHOX2B mutation found in CCHS.
As with the human patients, the mutant pups do not respond to hypercapnia, and they die soon after birth from central apnea.
They specifically lack a population of glutamatergic Phox2b-expressing neurons in the RTN/pFRG region.
This result strongly supports an essential role of these cells in sensing CO2.
In addition, the mutants have an irregular and slowed-down breathing pattern providing genetic evidence for the importance of the RTN/pFRG neurons for regular breathing at birth.
这篇文章结构非常清晰和简单,是非常典型的疾病方向的发育生物学研究,如果测序一做,肯定可以发的更好。
再看一篇:Ciliary protein Kif7 regulates Gli and Ezh2 for initiating the neuronal differentiation of enteric neural crest cells during development
把疾病动物模型应用得炉火纯青
从表型开始,确定目标细胞类型;
着重关注核心信号通路Hedgehog signaling;
通过单细胞技术深入分析了分子机制;