Machine Config文件的默认位置是%windir%\Microsoft.NET\Framework\framework_version\CONFIG.
如果你打开.NET 3.5 的文件夹, 你会发现并没有Machine.config文件.
为什么呢?
.net 3.5只是.net 2.0上面的一层. 要让.net 3.5运行, .net 2.0是必须的.
所以呢, .net 3.5文件夹中只包含3.5需要的文件. 没变的东西还是要访问.net 2.0的文件的.
应用程序所使用的配置文件是看CLR version的, 而不是Framework library的version.
.net 3.5跟.net 2.0使用的是同样的CLR version, 所以使用的是同样的config文件.
参考资料
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Working With Configuration Files in IIS 7
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc754617%28v=ws.10%29.aspx
Using the machine.config with .Net 3.5
http://forums.asp.net/t/1202081.aspx/1