bcftools 或 gatk 或 vcf-merge 或 plink 合并vcf文件

bcftools 见命令：

bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz

　　参考链接：http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge

 

gatk 见命令：

java -jar picard.jar MergeVcfs \
          I=input_variants.01.vcf \
          I=input_variants.02.vcf.gz \
          O=output_variants.vcf.gz

　　

 

vcf-merge 见命令：

vcf-merge file1.vcf.gz file2.vcf.gz file3.vcf.gz | gunzip -c > all.vcf

　　

plink 见命令：

plink --vcf file1.vcf.gz --double-id --make-bed --out file1

plink --vcf file2.vcf.gz --double-id --make-bed --out file2

plink --bfile file1 --bmerge file2.bed file2.bim file2.fam --recode vcf --out merge

plink --bfile merge --recode vcf --out merge.vcf