参见：
Question: How to extract all non-seqenced positions from a genome (Fasta file)?
test.fa
>chr1 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNtaaattgttt taaattgtttctgtttgcagttgacatgatctNNNNNatagaaaacacca ataactctgccaaaaaatttagaattcataaatgaatttagtaaagttgc >chr2 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNtaaattgttt taaattgtttctgtttgcagttgacatgatcttatatatagaaaacacca ataactctgccaaaaaatttagaattcataaatgaatttagtaaagttgc
perl一行命令
perl -ne \'chomp;if( />(.*)/){$head = $1; $i=0; next};@a=split("",$_); foreach(@a){$i++;if($_ eq "N" && $s ==0 ){print "$head\t$i"; $s =1}elsif($s==1 && $_ ne "N"){print "\t$i\n";$s=0}}\' test.fa
转为规范化的bed
cat gap.bed | awk \'BEGIN{i=0}{i++;print $1,$5,$6,"Gap"i}\' > gap.2.bed