自从Altera公司推出Nios II 9.1 Software Build Tools for Eclipse（简称Nios II 9.1 SBTE），许多新特性的引入，令众多使用者感到欣慰，尤其是在编译的速度上。但是Nios II 9.1 SBTE并不完美，譬如说无法调用用户自定义外设的HAL文件、无法使用Flash Programmer正常固化程序到EPCS。2010年2月27日，Altera公司释出9.1 SP1，其中Nios II SBTE无法正常固化程序到EPCS的问题得到初步地解决。
注意事项1
Nios II 9.1 SP1 SBTE的Flash Programmer的选项。
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图1 Flash Programmer的选项
“Generate Files”和“Program Files”为缺省选项，如果只勾选这两项，Flash Programming没有问题。
“Run From Reset After Programming”，这个选项的意思是，Flash Programming后自动复位运行。该选项的加入，非常人性化，用户在Flash Programming后，不用再去手动单击一下FPGA芯片的复位键或者重启一下电源。
注意：“Erase Flash Before Programming”选项的意思是，先擦除Flash内容，再Flash Programmer。但是这一擦后，对于我使用的EPCS4来讲，Flash Programming就无法自动复位，老毛病再现。我暂时还没有在其他的Flash上验证。
注意事项2
编程的内容。此处仅贴出我说使用的一个案例。（使用EPCS4）
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图2 Flash Programming的内容
加入QII编译后生成的xx.sof文件，因为是自动bootleader，所以其Flash Offset缺省为0；NII编译生成的xxx.elf为运行的程序文件，Flash Offset不用填写。
如果Flash Programming其他的文件，请注意后面的Flash Offset的计算，以及Flash的容量。