原因
ArcGIS 加载标准的 WMTS 服务的时候，会出现偏移的情况。原因是因为标准的 WMTS 里 DPI 为 90.714，采用的赤道位置 度 转换为 米 的转换系数为 111319.49。而 ArcGIS 10.3 及以下版本采用的转换系数为 111194.65 这就导致了在计算瓦片地理边长的时候，存在一定的差异，导致偏移。ArcGIS 10.4 及以上版本符合 OGC WMTS 标准，没有问题。
解决
为了解决这个问题，软件开发商发布了相关的修复补丁。
ArcGIS for (Desktop, Engine, Server) WMTS Tiles Misalignment Patch
此多个版本的补丁解决了以下问题：从ArcGIS for Server WMTS服务提供的图块与地图中的其他图层无法正确对齐，并且ArcGIS for Desktop或ArcGIS Engine中使用的WMTS服务导致显示偏移。
根据不同的版本下载对应的补丁即可。