Jexus可以同时用普通方式(PHP-CGI/PHP-FPM)以及.NET(Phalanger)方式支持PHP，为了不引起混淆，用.NET方式支持PHP时，要注意如下事项：
1、网站配置文件中的UsePHP的值为false，或者不用这一句。
2、网站配置文件中添加一行 ASPNET_Exts=php，说明php网页按ASP.NET处理，如果已经有这一项，就在末尾添一个php（用英文件逗号与已有扩展名分隔）。
3、Jexus启用.NET4工作模式（在jws.conf中添一行“Runtime=v4.0.30319”）。
4、在网站的web.config添加Phalanger有关配置。
在“<configuration>”下添加：
<configSections>
<section name="phpNet" type="PHP.Core.ConfigurationSectionHandler, PhpNetCore, Version=3.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=0a8e8c4c76728c71" />
</configSections>
<phpNet>
<compiler>
<!-- <set name="Debug" value="true" /> -->
</compiler>
<paths>
<set name="DynamicWrappers" value="/tmp" />
<set name="Libraries" value="Bin" />
</paths>
<classLibrary>
<add assembly="PhpNetClassLibrary, Version=3.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=4af37afe3cde05fb" section="bcl" />
</classLibrary>
</phpNet>
在"system.web"中添加：
<httpHandlers>
<add path="*.php" verb="*" type="PHP.Core.RequestHandler, PhpNetCore, Version=3.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=0a8e8c4c76728c71" />
</httpHandlers>
具体的配置实例参照 MVC3+RAZOR+PHP.NET 网站基础包