这里我简单介绍一下clueGO的使用
首先需要下载clueGO的插件
app—App Manager—clueGO安装
需要进行注册,才可以使用,这也是为什么我不太喜欢用这个插件的原因之一
cytoscape---插件clueGO的使用
下面就是使用clueGO,先apps----clueGO,打开这个插件
cytoscape---插件clueGO的使用
选择合适的物种,这里我用的是人的,粘贴Gene symbol
cytoscape---插件clueGO的使用
分别勾选CC、MF。BP是默认选中的
cytoscape---插件clueGO的使用
在富集过程中,会通过超几何的方法计算p值,这里可以选择p小于0.05的,将这部分结果展示
cytoscape---插件clueGO的使用
然后点击start
cytoscape---插件clueGO的使用之后出现这样的界面,等待就可以了
cytoscape---插件clueGO的使用
cytoscape---插件clueGO的使用
cytoscape---插件clueGO的使用
该结果展示的是富集结果的网络图。每个节点是代表性富集通路,节点的连线表示通路之间的共有的基因数,颜色表示该节点的富集情况分类(隶属于哪个功能组,颜色也可以和表格形式的的ClueGO结果对应)。
注意,这里物种有很多,默认下载好的是人和小鼠的,我们也可以下载其他物种
cytoscape---插件clueGO的使用
cytoscape---插件clueGO的使用
选择合适的物种进行下载就可以了
cytoscape---插件clueGO的使用
当然有什么问题也可以给我留言,最近实在是太忙了,也不能实时更新,希望大家见谅

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