IRscope是一款将叶绿体基因组四个区域连接位点可视化的软件，可以本地化，也可以在线服务，具体可移驾这篇文章: IRscope:可视化叶绿体基因组四个区连接位点。
我之前用的是本地化的软件，会遇到genbank文件格式的问题，导致程序报错，或者图片生成的很奇怪，又或者文件太多，运行的太久（可能是我的配置问题）。。。正常情况下图片是好的，而且生成的是pdf格式的图片，修改起来很方便（在线服务给的图片是gpg，修改起来可能会麻烦些）。
下图是在线服务中给的两个genbank文件做的图。
emm…看着这个图感觉不是很复杂，就是方块、文本、线条构成。于是学了一年perl的我决定用SVG模块实现下。
思路如下：
- 读入genbank格式文件
- 获取信息：序列、物种名、gene信息等信息
- 计算反向重复区的位置（后来反向重复区由用户输入）
- 根据交界，向左和向右各寻找一个基因（IRscope中用的是聚类算法？不一定左边一个基因，有的时候是两个，无奈本人实在看不懂太多R…）
- 绘图
先看下生成的图片~ 用的物种和上述的相同。
虽然不难，但是实现后还是满满的成就感（Hahaha……），乍一看，是不是觉得下面的图更加小清新一些（自恋中）~
比较一下：- 第一个图JLB处，左边多了一个rpl22，上面说过了，我这里只向左寻找一个基因就终止了。
- 第一个图JSB和JLA处，多了ycf1和rps19，这两个基因是pseudo基因，我设置默认是不显示的，可以加-p选项显示。叶绿体由于反向重复区的存在，经常会出现较短的ycf1和pseudo rps19，而且每个物种里的注释是不统一的，有的把ycf1注释成CDS有的注释成pseudo，这个挺让人头疼的。个人觉得这两个基因完全可以从另一个IR区看出来。比如JSA处的ycf1横跨IRa 1122 bp，对应的IRa中也应该有那么长度属于ycf1。
- 基因方向问题，IRscope中应该是正链基因位于下方，负链基因位于上方（这似乎会导致基因重叠？），我是直接使用箭头来表示基因的方向。
- 间距问题，IRscope中有的位置是没有标距离的，如JLB处的rpl2（可能是前一个基因跨区域了，所以这个没必要标），我是标了所有的（毕竟我的显示基因数量比较少）。
- 配色，个人感觉IRscope的配色有的地方不太好，如四个区域的名称，和背景色相同，看起来不是很清楚。
- 其他：关于字体的斜体正体问题-基因名和物种名应该斜体，其他的用正体比较好；关于布局问题-我的图比较胖些？
虽然上述两个图是差不多的，但是你以为这样就对了？
其实这两个图中的 Solanum lycopersicum 物种的反向重复区（IR）是有点问题的（我的脚本是自己输入的反向重复区，附带一个计算反向重复区的脚本，为了和IRscope的结果一样，所以修改了下反向重复区），实际上我计算出来的反向重复区是：
- LSC:2-85875
- IRb:85876-111487
- SSC:111488-129850
- IRa:129851-155461,1-1
即第一个碱基应该属于IRa，所以我算出来的反向重复区要比IRscope算出来的长1 bp，LSC短了2bp。新的图片如下：
和之前差异的地方用红色箭头表示了（相应交界处的基因也会改变1bp）。出现这种情况主要是由于叶绿体是环形的，我们通常以LSC作为起点，但是不排除其他的起点。这里只是差了1bp，影响似乎不大？但是如果我从IRa的最后末尾20bp作为起点，那么这里影响就很明显了，IRscope似乎不能跨首尾识别反向重复区，这里我又测试了下，同样的序列，不同的起点，见下图（用在线服务做的，似乎gb文件格式有问题，所以颜色上有点问题。），上面一条是我算出来正确的反向重复区的序列，下面一条是我从IRa的末尾20 bp作为起点的序列，这次差异很明显吧。其他的情况，比如起点落在IRb中，或者SSC中，都可能导致结果有问题。所以，我们在做边界可视化之前要检查下反向重复区是否正确，找到正确的起点。这个很重要！此外，涉及到比对的时候也要检查起点是否一致，比如在用全基因组序列构建进化树的时候。这里多提一点，由于反向重复区的存在，用短的reads做组装的时候LSC和SSC的方向是确定不了的，做进化树前需要调整下SSC方向，使所有物种都同向，不然做出来的进化树分支可能和你预期的不一样，同一物种的可能不在一个分支上。所以推荐使用CDS来做。
总结下写脚本的感受，这个脚本前前后后改了好多次，目前算是3.1版本，但是仍有些问题，比如：代码比较乱、变量没有统一设定，想要改字体大小和格式需要改好多地方、参数设置不太好，想要修改颜色需要修改源码。不过，对于自己的工作已经够用了 (^ _ ^)，再接再厉~
最后，想要源码的小伙伴可以发邮件到我邮箱哦~
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（免费获取）