eclipse生信编程环境搭建

eclipse环境搭建

• java配置
• eclipse配置perl
• eclipse配置python
• eclipse配置R
• 远程编辑代码
• 其他

Eclipse IDE for Eclipse Committers
用于代码测试编辑
优点：开源，集成
参考：组学大课题

java配置

eclipse需要java环境
windows的java配置方法
java查看

java -version
where java

eclipse配置perl

1. 安装perl插件EPIC：help-eclipse marketplace-search EPIC-install
2. 下载安装perl
3. 重启eclipse
4. 调出PerlDoc：window-show view-other-EPIC-PerlDoc（可以直接搜索perl的帮助）

eclipse配置python

1. 下载安装python
2. 安装python插件pydev
3. 添加python路径
4. eclipse可以启动python终端
5. 显示空白字符

eclipse配置R

1. 下载安装R
2. eclipse当中R插件StatET安装
3. eclipse可以启动R终端

远程编辑代码

1. 安装插件remote system explorer
2. 调出remote systems：window-show view-other-
3. 点击define a connect按钮，选择SSH only，添加服务器IP地址
4. 点击My Home输入用户名密码

其他

1. 批量注释 source-toggle comment
2. 代码比较：选择两个脚本-compare with