Use default JRE:
When selected, the New Java Project Wizard creates a new Java project which uses the workspace default JRE. The default JRE can be configured on the Java > Installed JREs preference page.
The project will also use the default compiler compliance which can be configured on the Java > Compiler preference page.
Click on Configure default... to configure the default JRE and compiler compliance.
Use project specific JRE:
When selected, you can explicitly specify the JRE to be used for the new Java project. The new project will use a compiler compliance which matches the version of the selected JRE.
Use an execution environment JRE:
When selected, you can specify an execution environment to be used for the new Java project. The new project will use a compiler compliance which fits best the selected execution environment.
Execution environments can be configured on the Java > Installed JREs > Execution Environments preference page.
其实官方的解释客观来讲应该是解释清楚了的，但是他在解释的同时，又带出了其余的陌生概念，就是这个compiler compliance。那就先把这个compiler compliance的概念搞清楚。
首先，设置他的地方在这里 Java > Compiler
Compiler compliance level，直译是“编译器服从的等级”。这个参数是设置你的class的运行等级，即你的程序是以哪种版本的JDK进行编译，所以得到的class至少要在这个版本的JRE上运行才行。
举个例子：
比如你的JDK版本是1.7，默认情况下你的Compiler compliance level应该是1.7，因为JRE本来就是为对应版本的JDK开发的程序所服务的。新的JDK提供了更多的功能，而这些功能都要有对应的JRE（至少是对应的JRE）来提供运行环境。所以你的JDK的版本要大于等于Compiler compliance level的版本才行。
之所以提供了这个参数选项，是考虑到将当前编写的程序放到低版本的JRE环境中运行的这种状况。同时，为了能够顺利保证可以在低版本的JRE上运行，你要时刻保证不能使用高版本的JDK中提供的API，道理显而易见。
最后，你必须安装对应的低版本的JRE来运行这个经过降级编译的程序，否则他提示你安装对应版本的JRE。如图。
下面说建工程时这三个JRE选项具体要怎么对待。
1.Use default JRE:
你会注意到，我解释compiler compliance时的最后那张图上，有一个Configure…跳转。
他会跳转到这里 Java > Installed JREs
在这里，你可以配置你电脑中的JRE，只要你想，从1.1到1.7，当然现在最新有1.8，所有版本的JRE你都可以安装，并通过旁边的Add按钮添加到这里。注意这里是JRE，之所以Name中有JDK，是因为这个JRE是JDK附带的，不是独立安装的。JRE可以随便你装多少，但JDK一个就够了。
注：JDK（Java Development Kit）为开发包，其中包含了JRE。JRE（Java Runtime Environment）为运行环境。
每个JRE前面都有一个复选框，虽说是复选框，但只能有一个被选中，而被选中的就会作为默认JRE。
所以，Use default JRE的作用，就是在你建立工程时，如果选中，就将这个默认JRE作为你构建用的JRE。就像我最开始的那张图上一样，并给出了提示“currently 'jdk1.7.0_71'”。
2.Use project specific JRE
其实这个选项跟Use default JRE是互补的。之前说道，你可以安装很多版本的JRE，选择Use default JRE就会指定默认JRE为你构建用的JRE，但如果你想选择其它你所安装的JRE的话，就可以选中这个Use project specific JRE，在其后的下拉菜单中，你就可以选择你想使用的JRE。
同时，compiler compliance也会被设置为对应JRE版本的编译级别。
3.Use an execution environment JRE
这个选项是最令人纠结的。你点开其后的下拉菜单，会看到这样一幕。
它提供了eclipse支持的所有运行环境选项（只是选项而已，还需安装对应版本的JRE）。
按照官方的解释，选中该选项，你的compiler compliance将会被设置为对应你所选的JRE版本。
比如，我电脑上只有JRE1.8，如果我选中Use an execution environment JRE，并选择了“JavaSE-1.7”，那么就会有这样的提示。
The default compiler compliance level for the current workspace is 1.8.The new project will use a project specific compiler compliance level of 1.7.
现在工作空间默认的编译级别是1.8，新项目将会使用特定的编译级别1.7。
这样看起来好像跟我之前讲的自定义compiler compliance如出一辙，而且好像解决了那个需要对应低版本的JRE的警告问题。
但是，当你建立完工程，会看到Problems视图里有一个警告。
嗯，没错，你仍然需要安装对应版本的JRE才行。
不过，你写个“Hello World！”还是可以运行的。但是最Perfect match的选择是装一个对应版本的JRE，这里的Perfect match，出自这里。
这里就是设置那一堆JRE选项的兼容JRE。如果你安装了多个版本的JRE，在右边的Compatible JREs列表里，会列出左边Execution Environment对应的兼容JRE。
我装过1.7和1.8版本的JDK，自然有对应版本的JRE，高版本兼容低版本，所以所有的列表中都有这两个选项。但对于JavaSE-1.7来说，最Perfect match的当然是对应自己版本的JRE。而且他版本，除非你也安装了对应的JRE，否则找不到那个Perfect match JRE。
同时，如果你想指定Execution Environment中某个JRE的默认兼容JRE，那就在右边的那个JRE前面勾选复选框。