目录
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1 flow cell
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为何要先介绍flow cell？
因为簇生成的过程发生在flow cell上。
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flow cell简介
1）flow cell是一个玻璃片，上面有2个或8个泳道(lane)，有一元硬币那么厚，不同测序仪使用的flow cell可能不同，下图为一个8 lane flow cell：
不同平台可能对应不同的flow cell
2）flow cell表面都随机植入了大量与文库P5互补的序列及P7，如下图：
3）后面要介绍的簇生成和测序均发生在Lane里面；
2 簇生成
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为何要进行簇生成？
单个DNA文库序列释放荧光信号太弱，不容易被检测到；多个拷贝的簇DNA文库序列可以放大荧光信号，可以理解为一个簇对应fastq中一条read。
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簇生成步骤
1）文库与flow cell表面P5杂交与互补链合成
文库与flow cell表面P5杂交
DNA聚合酶作用下从3'到5'延伸合成互补链
互补链合成
2）双链变性
双链变性洗去文库，留下新合成的单链
留下新合成的单链
3）桥式PCR扩增
- 第一轮扩增
沿着箭头方向延伸扩增
桥式PCR扩增 形成双链的“桥”
桥式双链DNA结构变性
桥结构变性成两条分别和flow cell共价连接的链
- 第二轮桥式PCR扩增
杂交
沿着箭头方向延伸
结束第二轮PCR
- 桥式PCR N个循环后
多个桥变性
4）反链切除
留下与Flow cell上P7上的链
5）DNA链3'封闭
3’端被封闭，防止不必要的DNA延伸，簇生成到此结束
参考资料：
https://www.bilibili.com/video/BV1BW411a7Pt/?spm_id_from=333.788.videocard.1
https://www.bilibili.com/video/BV15s411t7SJ