欢迎关注”生信修炼手册”!
除了展示GTF, bed等常规格式的基因结构信息，IGV还可以展示RNA的二级结构，在下面这篇文章中，就是通过IGV的这一功能来直观的展示RNA二级结构
https://rnajournal.cshlp.org/content/23/7/1012.full.pdf
上图就是一个IGV的截图，其中的曲线展示的就是RNA的二级结构，一个典型的RNA二级结构示意如下
其中既有相互配对的碱基，也有单独的，未配对的碱基，形成了颈环结构。对于RNA二级结构的表示，有以下多种格式
1. DB(dot bracket)
用配对的圆括号来表示配对碱基，未配对的碱基用点号或者冒号来表示，而可能存在配对的碱基则用其他符号，比如{}, <>, []来表示，示意如下
导入IGV时， 该格式对应的后缀为db。
2. CT(connectivity table)
软件RNAstructure所使用的文件格式，内容示意如下
第一行表示该RNA的碱基数目以及名字，其他行表示每个位置的碱基，第一列为碱基的下标N，第二列为具体的碱基符号，第三列和第四列分别为N-1和N+1, 第五列为与该碱基配对的碱基总数，第六列的值没有实际含义，和第一列保持相同即可。
除了上述两种结构外，IGV还支持其他的一些格式，详细内容请查看以下链接
http://software.broadinstitute.org/software/igv/RNAsecStructure
以db格式为例，导入IGV之后，会首先转换为IGV标准的bp格式，示意如下
选择RNA所在的染色体名字，然后IGV会自动进行转化，导入之后，显示如下
右键可以调整曲线的颜色，方向等设置，这种方式有个缺点，就是只能统一设置颜色，无法单独进行调整，而通过bp格式则可以完美解决这个问题，一个bp格式的文件内容如下
首先是以colors开头的header部分，每一行指定不同的颜色，采用RGB编码，对应后面的3个数值，取值范围0到255， 最后的文字是可选的，看做label， 剩余的行在表示配对碱基所在的位置，最后一类的数值表示的是对应颜色的下标，从0开始计数。比如上述文件中，开头定义了两种颜色，分别用Low和High进行标识，下标分别为0和1，在配对碱基的行中，就用0和1来指定不同的颜色。
导入之后，显示如下
通过IGV, 可以灵活的展示RNA二级结构。
·end·
—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
原创不易，欢迎收藏，点赞，转发！生信知识浩瀚如海，在生信学习的道路上，让我们一起并肩作战！
本公众号深耕耘生信领域多年，具有丰富的数据分析经验，致力于提供真正有价值的数据分析服务，擅长个性化分析，欢迎有需要的老师和同学前来咨询。
更多精彩
写在最后
转发本文至朋友圈，后台私信截图即可加入生信交流群，和小伙伴一起学习交流。
扫描下方二维码，关注我们，解锁更多精彩内容！
一个只分享干货的
生信公众号