01

 数据预处理。

小编用手里现有的组学数据进行分析(因为数据比较多,截图只展示一部分),首先将数据按Log2FC和FDR进行筛选,选出显著上调、显著下调和差异不显著的基因(这里筛选标准为Log2FC<-1.2或>1.2,FDR < 0.05)。

 

如何用Graphpad Prism 8制作火山图

(部分原始数据)

 

如何用Graphpad Prism 8制作火山图

 

 

02

数据录入和标准化

 

我们将处理好的数据输入到Prism的XY表格中,做散点图。

                                               

如何用Graphpad Prism 8制作火山图

 

首先将FDR值进行标准化。对FDR (up)、(down)和(ns)这3列取对数,进行标准化(当然也可以在Excel表格中进行对数标准化,在这里不赘述):点Analyze,选择Transform,对数据进行标准化。

 

如何用Graphpad Prism 8制作火山图

(数据标准化过程)

 

然后在弹出的计算公式窗口中选择内建的“Y=-1*log(Y)”,点OK完成计算,得到标准化后的数据。

 

剩余文章内容及软件查看

相关文章: