gromacs学习中，面临各种报错，作为初学者，自己把踩过的坑一一记录下来，希望对后来者有所帮助。
1. 报错： Atom index n in position_restraints out of bounds
解决方案：见官网，链接：http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Atom_index_n_in_position_restraints_out_of_bounds
解释：
简单说就是topol.top文件中最后部分分子的的位置约束文件排列不整齐，比如：
WRONG:
#include “topol_A.itp”
#include “topol_B.itp”
#include “ligand.itp”
#ifdef POSRES
#include “posre_A.itp”
#include “posre_B.itp”
#include “ligand_posre.itp”
#endif
A、B和ligang分开写了，正确如下：
RIGHT:
#include “topol_A.itp”
#ifdef POSRES
#include “posre_A.itp”
#endif
#include “topol_B.itp”
#ifdef POSRES
#include “posre_B.itp”
#endif
#include “ligand.itp”
#ifdef POSRES
#include “ligand_posre.itp”
#endif