很愚蠢的一点,输入wget之后,就放假回家去了,导致今天上班的时候才发现下载到20%的时候失败了........

浏览器下载失败,转用wget URL的形式失败,改为采用:

GATK4环境配置步骤札记2

下载完成后,进行如下操作:

GATK4环境配置步骤札记2

GATK4环境配置步骤札记2

而后,unzip gatk-4.0.2.1.zip文件,cd gatk-4.0.2.1后,ls下:

GATK4环境配置步骤札记2

--->新的环境需求,嗯,对的,目标是先local配置下gatk,然后运行下样例文件,所以,继续配置所需要的环境配置

1:GATK4.beta.3 or later

    由于之前已经安装了,这里就先不安装了。

2:Picard2.x

3:Samtools

4:Python 2.7

GATK4环境配置步骤札记2

5:Cromwell

首先,下载cromwell相应版本的jar包,这里下载的是30.2,考虑到网络不是很好,加入了相关参数:

GATK4环境配置步骤札记2

下载后,ls确认下是否在的:

GATK4环境配置步骤札记2

而后,编辑myWorkflow.wdl文件,尝试进行运行即可:

GATK4环境配置步骤札记2

GATK4环境配置步骤札记2

运行结果为:

GATK4环境配置步骤札记2

通过以上的测试,cromwell就安装成功了。

相关文章:

  • 2022-12-23
  • 2021-05-17
  • 2021-06-25
  • 2021-09-25
  • 2021-06-18
  • 2021-05-17
  • 2021-10-14
  • 2021-05-22
猜你喜欢
  • 2021-06-27
  • 2021-10-03
  • 2021-10-04
  • 2022-12-23
  • 2021-04-09
  • 2021-09-03
相关资源
相似解决方案