linux系统下调用的第一个jar包
如何生成jar包
选择文件，点击Project Structure…
选择Artifacts，点击左上角+号，选择JAR后选择Empty下面的指令
从Main Class中选择你要生成jar包的文件
完成上述jar包的配置之后，一定要选择界面上面的Build，在选择Build Artifacts…
完成上述jar操作之后，就会在目录生成out文件夹，即下面含有jar包
在linux系统下调用jar包
上传jar包，初学者，我是选择输入“rz”命令，选择文件上传
调用jar命令：java -jar MSA.jar (这里我的jar包名称是MSA.jar）
运行中的一些注意点
1、在java文件中调用linux指令：
String command = “HHsuite/hhsuite-3.0-beta.3-Linux/bin/hhblits -i ./linlinzhneg/Protein/” ;
Process pro = Runtime.getRuntime().exec(new String[]{"/bin/sh", “-c”, command});
command是linux指令，getRuntime().exec()执行外部指令，即调用linux下工具
{"/bin/sh", “-c”, command}，是执行外部程序的三个参数，//需要指定参数一：命令位置；参数二：-c表示先执行第一个参数；参数三：你的命令
windows下操作命令是：{ “cmd”, “/c”, cmds }
2、因为我这里要调用linux里面的工具，所以很多地方不能在本地测试，但是建议能测试的地方一定要在本地测试，以防出现不应该的错误
3、command指令可以直接在linux系统中进行检验，看可能执行命令，建议将可执行的指令直接复制到你的java代码中，执行命令的在那个文件夹下，建议执行jar包也在该文件下，否则就关注路径问题
4、千万要注意路径问题，尽量用pwd复制路径，我就是因为路径一个字母写错，检查了好久，当显示文件打不开是就要注意路径的选择问题
5、小白学习之路，感谢我的partner对我的帮助