三代测序之动植物基因组 de novo 测序
2016-05-20 编辑：诺禾致源
动植物基因组 de novo 测序
产品优势
• 能对高重复序列、转座子区域与高度变异区等基因组的复杂区域进行高水平组装
• Contig N50 和 Scaffold N50 长度更长，组装结果更完整准确
• 以多种组装策略有效应对复杂基因组组装，结合多组学联合分析，深入挖掘物种生物学亮点
研究方案
| 基因组特征 | 组装策略 | 测序策略 | 承诺指标 | 交付周期 |
| 有参物种 | 三代补洞 | 三代（10×） | Contig N50 提升一倍 | 测序及组装周期，根据总数据量规模而定
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| 简单基因组 | 二代加三代 混合拼接 |
二代（100×）+ 三代（20×） |
Contig N50≥100Kb， Scaffold N50≥1Mb Scaffold N50 ≥4Mb （鸟和哺乳动物） |
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| 复杂基因组 | 二代（200×）+ 三代（20×） |
Contig N50≥60Kb， Scaffold N50≥500Kb |
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| 简单基因组 | 全三代拼接 | 三代（70×） | Contig N50≥1Mb | |
| 复杂基因组 | 三代（70×） | Contig N50≥200Kb |
研究案例
大猩猩基因组（Science, 2016）
测序策略
72× PacBio 数据构建 Contig；
结合 BAC-end 和 Fosmid-end 数据构建Scaffold
组装结果（如图2）
总长：3.1Gb；Contig N50: 9.6Mb；
Scaffold N50: 23.1Mb
复活草基因组（Nature, 2015）
测序策略
72× PacBio 数据构建 Contig；
结合220×的 BioNano 光学图谱数据构建 Scaffold
组装结果（如图3）
总长：244Mb；Contig N50: 2.4Mb；
Scaffold N50: 7.1Mb
图2 大猩猩基因组组装
图3 复活草基因组复杂区域组装