STM32F407基于Cortex M4内核架构，具备完善的时钟树结构。了解时钟树的结构有助于程序的编写和优化。
下列配置图来自软件STM32CubeMX，从配置图可以看出STM32F407所有时钟源，包括外部输入HSE和LSE，以及内部RC时钟HSI和LSI。
对于高速时钟，采用外部8MHz晶振作为时钟输入HSE；经过PLL的倍频，得到系统时钟SYSCLK 168MHz；SYSCLK经过预分频得到HCLK，HCLK用于驱动AHB总线、内存、DMA、内核FCLK以及嘀嗒时钟Systick；APB1和APB2两路总线时钟也来自HCLK，分别对应PCLK1和PCLK2，同时要注意的是，挂在这两个总线上定时器的时钟是总线时钟的2倍。
对于低速时钟，主要用于需要驱动RTC时钟或者IWDG看门狗。
总结，时钟作为嵌入式系统的心脏，是必不可少的部分。正确选择时钟源、配置时钟参数，是系统正常运行，外设正常交互的前提。