扩增子测序其实就是PCR产物测序，只是PCR技术变种特别多，所以就统称为扩增子测序吧。另外，通俗的说，高通量测序技术其实就是一次可以测很多不一样DNA序列的技术。当PCR技术和高通量测序技术结合起来，就可以解决很多实际研究中的问题。当然，也不是完全没有限制，主要限制因素是读长和碱基平衡问题。下面我们就来罗列一下各种扩增子测序类型。
1.16s/18s/ITS等标记基因可变区检测
其实验原理图如下：
实验过程主要是2步PCR，第一步，特异性引物和部分接头引物合并后扩增，得到一个目标基因的混合产物。原因是模板分子有很多种，所以产物也很多种。这样以第一次扩增产物为模板，进行第二次扩增，获得完整的测序接头，再往后就是纯化一下即可测序了。同理，其实只要是兼并碱基引物能扩增出来的产物是一个混合物，就适用于高通量测序技术。
2.多重PCR检测外显子/SNP位点
其实这个扩增只是第一个介绍的延伸。既然兼并碱基引物可以扩增同一个基因的不同模板分子，那么不同的引物是不是也可以扩增不同的模板分子片段呢？答案自然是肯定的。在实际运用中，我们很多模板分子非常珍贵，例如它是濒危物种DNA，不允许多采集样品，又或者它是FFPE样品，不可重复获得。但是，我们又希望同时研究这个样品的很多不同位置的DNA序列，显然它经不起一次一个产物的扩增去消耗模板。所以直接把引物混合起来，就可以明显提高效率还减少模板的消耗了。当然，也不是扩增引物随随便便就可以放一起扩增的，还要探究它们的退火温度、引物是否容易产生二聚体等。
3.核酸适配体测序
核酸适配体是一种双端有固定序列，中间有随机分布碱基的DNA分子文库。合成的时候是单链的，经过PCR扩增获得双链结构。因此也可以归类为扩增子测序。一般这类需求是研究文库内不同DNA分子的丰度分布情况。经过筛选，获得高丰度的DNA序列，适配下游的实验需求。
4.用于基因编辑效率确定的PCR产物测序
随着CRISPER-CAS9基因编辑技术的运用，越来越多的人开始使用这项技术进行基因编辑方面的研究。但是，这个技术的编辑效率并非100%。这样，我们想要了解具体的编辑效率，就必须要进行深度测序。这个时候，在目标基因两侧，设计一对特异性引物，使得扩增产物在300bp左右，结合第一种扩增办法，可以获得相对简单的混合文库，并进行测序，统计分析特定位置的突变比例。