Biological Age Estimated from Retinal Imaging: A Novel Biomarker of Aging

论文地址:https://www.researchgate.net/publication/336391972_Biological_Age_Estimated_from_Retinal_Imaging_A_Novel_Biomarker_of_Aging
亮点:在训练前对图像进行预处理,突出了特征信息
提出了一种新颖的联合损失函数来训练模型


Biological Age Estimated from Retinal Imaging: A Novel Biomarker of Aging 是MICCAI 2019 中的一篇文章,最近正在做一些根据眼底图像的预测问题,所以学习一下这篇论文并记录。

作者通过深度学习的方法通过眼底图像来试图预测Biological age,先前大多使用脑MRI图像来预测Biological age,通过眼底图像进行预测的结果显示出了眼底图像与Biological age也很有关联性。
本文新颖的地方主要有三点:
第一,在将图像投入模型之前先对其进行了细节增强,效果很好。
第二,不同于寻常的年龄预测,文章并没有将其作为一个回归问题,而是当做分类问题来训练,非常巧妙。
第三,设计了一种联合损失函数。


Biological Age Estimated from Retinal Imaging: A Novel Biomarker of Aging
上图给出了模型的结构,主体部分为主流的CNN网络,进行训练时,将source label做成类似one-hot的形式,不同于one-hot,作者将source label 转换成服从高斯分布的label,不过左右两边都设立的界限,使得分布不超过这个界限(例如年龄为60,经过转换使得label在55-65范围内服从高斯分布,其余依然为0),这么做的好处在于传统的one-hot label 过分强调独立性,忽视了相邻标签间的连续性(年龄是连续的),转为高斯分布可以加强连续性。模型输出的是一个各个年龄可能性的概率分布图,最后的结果则是求出这个概率分布的期望得到。

Image Detail Enhancement
先前的研究表明眼底图像的整体结构都与衰老有关,因此采用一种图像增强的方法来增强图像的细节特征,这么做可以防止网络忽略了细小的特征而影响性能。
step1:将图像由RGB 转为 CIE Lab Color space
step2:对于L通道的图像,采用 domain transform filter 对其进行过滤,迭代操作生成三个版本的L通道图像L0,L1,L2,其中L0 = L。
step3:通过公式L’ = L2 + S(L1-L2) + S(L0-L1)来计算最终的L’,其中S(·)为sigmoid函数。两个减法操作可以保留不同层之间的细节信息。
step4:用L’ 替换 L, 再将图像转回RGB。
结果如下,很好的增强了诸如血管之类的特征,对于微血管也有很好的增强:
Biological Age Estimated from Retinal Imaging: A Novel Biomarker of Aging

Joint Loss Function
Loss Function : Label distribution softmax loss + Error-tolerated weighted Kappa loss

Label distribution softmax loss:
Biological Age Estimated from Retinal Imaging: A Novel Biomarker of Aging
N:一个batch中image的数目
K:年龄类别总数
di^k:第k类年龄对应的label值
pi^k:第k类年龄对应的概率
Biological Age Estimated from Retinal Imaging: A Novel Biomarker of Aging
在一定界限内(y-b,y+b)内的di服从高斯分布,超出界限则为0

Error-tolerated weighted Kappa loss:
Biological Age Estimated from Retinal Imaging: A Novel Biomarker of Aging
Kw是Kappa权重

总的loss function为
Biological Age Estimated from Retinal Imaging: A Novel Biomarker of Aging

结果显示利用眼底图像进行预测的结果优于利用MRI脑部图像预测,结果如下:
Biological Age Estimated from Retinal Imaging: A Novel Biomarker of Aging
损失函数使用Label distribution softmax loss 和 使用联合损失函数各有长处,前一种的MAE更好,后一种的CS更好。

PS:预处理做得好能对结果有很大提升!

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