Flux-simulator笔记
官方网站：http://sammeth.net/confluence/display/SIM/Home
命令行：
flux-simulator -x -l -s -p 文件名.par
输入文件：
使用必须有的输入文件：1⃣️gtf文件（每一行必须有transcript_id！否则在Checking GTF file时报错）
2⃣️参数文件.par
如果要输出fasta/fastq,进行反转录等：3⃣️需要输入.fa位于的文件目录
（目录下是每个染色体的.fa！gtf中的chr必须都有！否则在sequence和fragment时报错）
输出文件：
.pro
.lib
.bed
(.fasta / .fastq)
模拟步骤：
1.gene expression 随机生成不同转录本表达
输出.pro文件
2.transcript modifications 加poly a尾巴等修饰
输出.lib文件
3.反转录
4.打断 可选择打断方式，概率分布
5.文库构建 片段大小、是否过滤、pcr
6.测序 错误模型、输出形式等
遇到的问题：
1.无法输出fastq文件？
FASTA参数设置为true
错误模型设置成76 or 35（若没有错误模型则生成fasta文件）
2.输出的reads长度有短于指定长度短片段？
原因是打断时，生成的片段长度小于指定reads长度。
所以将生成的片段进行长度控制过滤：FILTERING参数设置为true
3.提示ram不够？（Initializing PWM cache报错）
4.虽然选择的是双端测序，但是只输出一个fastq文件？
可以手动将fastq文件中的S（有义链）都写到read1.fq。A（反义链）都写到read2.fq。
也可以修改参数UNIQUE_IDS为true，以达到上述目地。