1、先停止运行Tomcat，然后移除下面部署的项目，然后再clean一下。
2、接下来，重点双击Servers视图下的Tomcat（若没有此视图的，可以在工具栏的Windows->Show Views找到Servers并打开）
打开之后的界面：
若没有按照第一步做的话Server Locations这一栏下面的选项是不可选的
当然照做就是可选的啦
选择第二个选项Use Tomcat installation（takes control of Tomcat installation）
因为第一个是默认使用工作空间的元数据，并不包括从外部引入的Tomcat。