1.存储结构不一样
MyISAM：每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。.frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。索引文件的扩展名是.MYI (MYIndex)。
InnoDB：所有的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件），InnoDB表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为2GB。
2.索引不一样
索引结构不一样，myisam索引与数据没有存储在一起，如下图
myisam的b树结构的叶子节点存储的是数据的物理位置，最终通过数据的物理位置去找到真实数据。
innodb的索引存储图如下，我们会发现，叶子节点下面直接存储有数据，而次索引下，存储的是主键的id。通过主键查找数据的时候，就会很快查找到数据，但是通过次索引查找数据的时候，需要先查找到对应的主键id，然后才能查找到对应的数据。
聚蔟索引相当于汉语字典正文，索引就是拼音，从a到z按顺序排列，数据就是字也按照从a到z的顺序排列。索引顺序与数据顺序排列一致。
非聚蔟索引相当于偏旁部首，最终偏旁部首索引项b数结构存放的是目录，也就是数据的物理地址，而且偏旁部首索引顺序与数据的索引顺序不一致，没有关系。
3. myisam不支持事务，innodb支持，innodb有外键，myisam支持全文索引，查询效率更高。myisam只有表锁，innodb支持行锁。
目前写到这样，持续更新中。。。。