https://blog.csdn.net/xuemengrui12/article/details/74984731
步骤：
1. 选中Java项目工程名称，在菜单中选择 File->project structure... (快捷键Ctrl+Alt+Shift+S)。
2. 在弹出的窗口中左侧选中"Artifacts"，点击"+"选择jar，然后选择"from modules with dependencies"。
3. 在配置窗口中配置"Main Class"。
4.配置“Directory for META-INF/MAINFEST.MF”，此项配置的缺省值是：D:\Intellij\SeriesPublish\src\main\java，需要改成：D:\Intellij。如果不这样修改，打成的jar包里没有包含META-INF/MAINFEST.MF文件，这个应该是个IDEA的BUG（参考：http://stackoverflow.com/questions/15724091/how-to-run-a-jar-file-created-using-intellij-12），配置完成后如下图所示，点击OK进入下一步。我个人建议选择“extract to the target JAR”，这样所有依赖的jar包都会放在生成的jar包中。
5. 完成后，点击OK，Apply等按钮，回到IDEA的主菜单，选择“Build - Build Artifacts”下的“Build”或者“Rebuild”即可生成最终的可运行的jar，在D:\Intellij\SeriesPublish\out\artifacts\SeriesPublish_jar下面找到生成的目标jar，可以看到META-INF/MAINFEST.MF文件被正确包含，内容也正确。
好了，大功告成
参考：
http://bglmmz.iteye.com/blog/2058785
http://blog.csdn.net/xiao257/article/details/52981891
http://www.cnblogs.com/blog5277/p/5920560.html
https://blog.csdn.net/qq_25925973/article/details/53370501
Intellij打包jar文件，“java.lang.SecurityException: Invalid signature file digest for Manifest main attrib
下面是使用Intellij 打包jar文件的步骤，之后会有运行jar文件时遇到的错误。
打包完成。
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运行jar出现问题：
1、找不到主类。打开jar文件包，在MANIFEST.MF文件中添加Main-Class: 包名.类名，
注意：包名前面有空格，类名没有.java或者.class后缀，最后一定要回车到下一行。让光标定位在空白行。
打开
2、java.lang.SecurityException: Invalid signature file digest for Manifest main attributes
打开META-INF目录，将*.SF,*.DSA,*.RSA文件删除，即可。应为有些包有签名，导致错误。
此问题，可以参考下面的连接，这位大神比较详细，http://www.cnblogs.com/fuxinci/p/3356087.html，（如有侵权请告知，会删除，谢谢！）。