按照官方文档的说明，backgroundColor应该可以设置窗口的背景色。
"window":{
"backgroundTextStyle":"light",
"navigationBarBackgroundColor": "red",
"navigationBarTitleText": "WeChat",
"navigationBarTextStyle":"black",
"backgroundColor": "#000",
"enablePullDownRefresh":true
},
但是设置backgroundColor后并不生效，解决办法就是直接在app.wxss中设置：
page{
background-color: black;
}