匹配字典值并生成输出，无论它们在 Python 中是否匹配

Question

我的情况是，我已经组装了 5 个 DNA 序列的列表。我写了一个小循环，一次通过一个密码子位点。从这里我生成了一个字典，告诉我每个密码子位点出现了哪些密码子，代码如下所示：

for i in range(0, len(sequencesCombined[0]), 3):
codons = {}
for j in range(len(sequencesCombined)):
                    codon = sequencesCombined[j][i:i+3]
                    if codon not in codons:
                        codons[codon] = 1
                    else:
                        codons[codon] += 1
                    if len(codons) == 2:  
                        if AminoAcid_Table[codons[0]] == AminoAcid_Table[codons[1]]:
                           print('whatever my string needs to be')
                        else:
                           print('whatever my other string needs to be')
                   else:
                        pass

循环在一定程度上起作用，它循环遍历序列并每 3 个核苷酸对它们进行切片，然后读取密码子。然后它会在检查下一个密码子位点之前自行刷新。但是，我正在努力将值与另一个字典匹配来编写我的 if else 语句。

任何随机站点的输出示例可能如下所示：

'ATG':5

这告诉我在 5 个序列中有 5 个 ATG 密码子。 或者，它可能看起来像这样：

'CCT':2, 'CAA':3

因此这是一个非同义密码子替换，因为两个序列表达编码脯氨酸的密码子 CCT，而三个序列表达编码谷氨酸的密码子 CAA。在这种情况下，替换是 CCT，因为只有 2 个。（或者至少这是我被指示假设的）最终我将计算这些非同义和同义替换，但现在我只想让 python告诉我替换是同义词还是非同义词，理想情况下替换密码子是什么，因此打印功能。因此，此场景的输出可能如下所示：

'Non-Synonymous Sub, Codon: CCT'

我写了一本包含所有氨基酸及其密码子的字典，如下所示：

AminoAcid_Table = {
'TTT':'Phe','TCT':'Ser','TAT':'Tyr','TGT':'Sys', 
'TTC':'Phe','TCC':'Ser','TAC':'Tyr','TGC':'Sys',
'TTA':'Leu','TCA':'Ser','TAA':'Stop','TGA':'Stop',
'TTG':'Leu','TCG':'Ser','TAG':'Stop','TGG':'Trp',
'CTT':'Leu','CCT':'Pro','CAT':'His','CGT':'Arg',
'CTC':'Leu','CCC':'Pro','CAC':'His','CGC':'Arg',
'CTA':'Leu','CCA':'Pro','CAA':'Gln','CGA':'Arg',
'CTG':'Leu','CCG':'Pro','CAG':'Gln','CGG':'Arg',
'ATT':'Ile','ACT':'Thr','AAT':'Asn','AGT':'Ser',
'ATC':'Ile','ACC':'Thr','AAC':'Asn','AGC':'Ser',
'ATA':'Ile','ACA':'Thr','AAA':'Lys','AGA':'Arg',
'ATG':'Met','ACG':'Thr','AAG':'Lys','AGG':'Arg',
'GTT':'Val','GCT':'Ala','GAT':'Asp','GGT':'Gly',
'GTC':'Val','GCC':'Ala','GAC':'Asp','GGC':'Gly',
'GTA':'Val','GCA':'Ala','GAA':'Glu','GGA':'Gly',
'GTG':'Val','GCG':'Ala','GAG':'Glu','GGG':'Gly'}

我需要做的是让 Python 查看我的“密码子”字典输出的 3 个字母密码子，比较我的“氨基酸表”字典中的这两个密码子，如果氨基酸相同，那么我需要一个“同义词”打印出来，如果不是，我需要一个“非同义词”打印出来。

我们将不胜感激任何建议，如果以前有人问过，请留下包含信息的链接。作为答案，我很乐意投票赞成。

Answer 1

首先让我确认我对问题的理解是正确的。

因此，在您的字典密码子中，您要检查是否所有键都指向表中的单个氨基酸。如果他们这样做，输出是同步的，否则不是同步的，对吧？

如果是，您可以这样做来检查

amino_acid = []
for x in list(codon.keys()):
    amino_acis.append(AminoAcid_Table[x])

if len(set(amino_acid))==1:
    #There is only one type of amino_acid. So Synchronous
else:
    #Not Synchronous