如何在线自动化多个 BLAST 运行？答案

【问题标题】：How to automate multiple BLAST runs online?如何在线自动化多个 BLAST 运行？
【发布时间】：2021-01-19 19:37:22
【问题描述】：

我的 FASTA 文件中有一种细菌的蛋白质组。现在，我想在线对带有抗原蛋白的单个蛋白质运行 BLAST。然而，由于蛋白质组的体积很大，单独运行 BLAST 很麻烦。我可以做些什么来自动化这个过程？我对 Python 有一些了解，但我无法创建一个管道来自动化该过程。

【问题讨论】：

首先了解如何通过 python 运行终端命令（例如：blastn）。查看“子流程”包。
你了解BioPython吗？以下是通过 Internet 运行 Blast 的 BioPython 教程链接：biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec120

【解决方案1】：

您可以简单地循环遍历您想要 BLAST 的所有序列。但是，NCBI 的使用规则限制每个用户每 5 分钟执行一个 BLAST 作业，因此它可能会运行很长时间。

据我了解，您只有一个蛋白质参考序列（抗原），对吗？在这种情况下，在您的计算机上本地为每个查询运行 Smith-Waterman 对齐可能更容易： https://www.biotite-python.org/apidoc/biotite.sequence.align.align_optimal.html

【讨论】：