biopython中成对爆炸的问题答案

【问题标题】：problems with pairwise blast in biopythonbiopython中成对爆炸的问题
【发布时间】：2019-02-13 04:29:35
【问题描述】：

我尝试在 python 脚本中的两个序列之间运行成对爆炸，并使用 biopython blast 工具。

通过将参数db='blast_database' 添加到blast_cline 对本地数据库运行爆炸没有问题。但是如果我用subject='tmp_subject.fas'替换这个参数就不行了。

我的代码：

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline

blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5, out='tmp.xml')

blast_cline()

我收到此错误消息：

Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 3 from 'blastn -out tmp.xml -outfmt 5 -query tmp_query.fas -evalue 1 -subject tmp_subject.fas', message 'BLAST engine error: Empty CBlastQueryVector'

【问题讨论】：

不确定它是否适用于您的情况，但here 我读到“Artemis 输出的 Genbank 文件有时会由于缺少有效的标头而导致 [BLAST engine error: Empty CBlastQueryVector]。”跨度>
感谢您的提示！但是，如果在 shell 上运行命令它工作正常。因此，我想在 biopython 中的实现存在一些问题......
从命令行显示blastn -version VS 的输出。 python -c 'from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline; print(NcbiblastnCommandline(version=1)())'
@Chris_Rands 这可能应该迁移不？在这里可以解决，但在bioinformatics 上更容易解决

标签： python bioinformatics biopython blast

【解决方案1】：

这应该可行：

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5)()[0]
print(blast_cline)

【讨论】：