拯救森林地块（metafor）

Question

我有一个森林图（使用 metafor），其行数将根据输入条件而变化。我的代码在每次运行后使用：

dev.copy(png,'myplot.png')
dev.off()

根据图中的行数，可以压缩数据。超过 30 行，数据变得不可读，请参见下面的示例。第一个图表是可读的，但是第二个图表是无用的，而且它只会变得更糟，因为我想包含更多的数据。

有没有办法保存图表，以便高度自动更新以正确适合行？图表没有特别需要是方形的，事实上我设想它是矩形的以适应数据。图表代码包含在问题的底部以供参考。

forest(x = final$AvgPts, ci.lb = final$min, ci.ub = final$max, slab = final$Players,
ilab = final$value, ilab.xpos = max(final$max)+10,ilab.pos =4, alim = c(min(final$min)-5,
max(final$max)+5), xlim = c(min(final$min)-170, 2*(max(final$max)+5)), 
xlab = "Moneyball Points Spread", efac = 1, cex = 0.75, mgp = c(1, 1, 0),
refline=mean(final$AvgPts),digits=1,col="dark blue",pch = 19,
main=paste("2016 Moneyball Summary (position =",pos,"and min average >",points,")"))

Answer 1

不要使用dev.copy()，而是这样做：

1. 确定将包含在森林图中的k（研究数 = 行数）。
2. 使用png() 打开绘图设备，其中height 属性是k 的某个适当函数（k 越大，height 的值越大）。
3. 绘制森林图。
4. 使用dev.off()关闭绘图设备。
5. 利润！

第 2 步实际上有点棘手。经过反复试验，我发现height = 200 + 40*k^.85 似乎可以正常工作。在forest() 中，您还想使用cex=1 以使字符/符号扩展因子保持不变并使用yaxs="i"，否则当k 很大时，4% 的填充将开始看起来很奇怪。但是您还想调整ylim，以便在 x 轴和第一行之间有更多的空间。最后，您还必须使efac 成为k 的一些适当的递减函数。再次，经过反复试验，我发现efac=30/(k+10) 似乎可以工作。

下面是一些测试代码：

library(metafor)

ks <- c(5, 10, 20, 40, 80, 160, 320)

for (k in ks) {

   vi <- runif(k, .05, 1)
   yi <- rnorm(k, 0, sqrt(vi))

   png(paste0("forest_k=", formatC(k, format="f", flag="0", width=3, digits=0), ".png"), height = 200 + 40*k^.85)
   forest(yi, vi, xlim=c(-10,10), alim=c(-4,4), efac=30/(k+10), cex=1, yaxs="i", ylim=c(0,k+3))
   text(-10, k+2, "Study", pos=4)
   text( 10, k+2, "Estimate [95% CI]", pos=2)
   dev.off()

}

好的，最后，这是一个有点骇人听闻的解决方案，但它似乎有效。

还有https://stackoverflow.com/a/28239750/2615367 可能更优雅，但您必须检查自己如何完成这项工作。