使用 visNetwork（或替代方法）显式放置节点

Question

如何将nodes 明确放置在visNetwork 图表上？

或者：我如何在 R 中使用 visNetwork 或替代方法重新创建该图形？

背景：最终目标是代表来自Vensim 文件的Causal Loop Diagrams。明确放置节点只是第一步（关键），因为在因果循环图中，节点的可视化映射是信息的一部分（与一般图论不同）。因此，如果有人对更大的图景有建议。 “将因果循环图建模引入 R”，我会非常高兴。

我尝试了什么：

library("visNetwork")

nodes <- data.frame(id = 1:3, label = c("one", "two", "three"))
edges <- data.frame(from = c(1,1,2), to = c(2,3,1))

visNetwork(nodes, edges, width = "100%", title = nodes$labels, stringsAsFactors = FALSE) %>% visEdges(arrows = "to")

绘制类似的东西（确切的布局会改变，因为随机种子）：

通过here 的问答，我尝试通过设置x 和y 值来手动放置节点。

library("visNetwork")

nodes <- data.frame(id = 1:3, label = c("one", "two", "three"), x = c(0,1,2), y = c(0,1,2))
edges <- data.frame(from = c(1,1,2), to = c(2,3,1))

visNetwork(nodes, edges, width = "100%", title = nodes$labels, stringsAsFactors = FALSE) %>% visEdges(arrows = "to")

哪些情节：

..我真的不明白x，y和屏幕上的放置之间的对应关系是什么..

我也无法在docs 中为visLayout 找到任何内容。

Answer 1

事实证明，x 和 y 参数不起作用。这里有一个解决方案：

library("visNetwork")

nodes <- data.frame(id = 1:3, label = c("one", "two", "three"))
edges <- data.frame(from = c(1,1,2), to = c(2,3,1))

coords <- as.matrix(data.frame(x = c(0,1,2),
                               y = c(0,1,2),
                               stringsAsFactors = FALSE))

visNetwork(nodes, edges, width = "100%", title = nodes$labels) %>%
    visNodes() %>%
    visOptions(highlightNearest = TRUE) %>%
    visInteraction(navigationButtons = TRUE,
                   dragNodes = TRUE, dragView = TRUE,
                   zoomView = FALSE) %>%
    visEdges(arrows = 'to') %>%
    visIgraphLayout(layout = "layout.norm", layoutMatrix = coords)

有关历史，另请参阅here。 也许这些链接可能对您想要实现的目标有所帮助：causaleffect 和 plot.CLD

Answer 2

使用ggraph 代替visNetwork 可以简化事情。

library(ggraph)
library(igraph)

g <- make_graph(edges = c(1,2,2,1,1,3))
V(g)$name <- c('one', 'two', 'three')

ggraph(g, layout = 'manual', node.positions = data.frame(x = c(1,1,2), y = c(2,1,2.1))) + 
  geom_edge_arc(aes(start_cap = label_rect(node1.name),
                    end_cap = label_rect(node2.name)),
                 angle_calc = 'along',
                 label_dodge = unit(2.5, 'mm'),
                 arrow = arrow(length = unit(4, 'mm'))) + 
  geom_node_text(aes(label = name, x = x, y = y))

这个情节

这是我正在寻找的（除了网格线和颜色）。