总结平均中位数数据框 R答案

【问题标题】：summarise mean median data frame R总结平均中位数数据框 R
【发布时间】：2018-12-21 02:32:20
【问题描述】：

我有一个数据框，其中包含不同 SNP 窗口的 Fst 值。

我想总结一下每个基因窗口的 Fst 值的平均值和中位数：

gene chr    start Nsites     Fst01    Fst02    Fst12


1     AC002310.7  16 30591000      2       1       8.      5
2         ZNF785  16 30591000      2       1       30     1
3     AC002310.7  16 30593000      2       2       4.     10
4         ZNF785  16 30593000      2       3       20.    2
5     AC002310.7  16 30595000      2       3       2.     20
6         ZNF785  16 30595000      2       6.      10.    3

输出：

      gene           n   Fst01    Fst02    Fst12     
1     AC002310.7     3    2.        4.      10
2         ZNF785     3    3.       20       2

我是这样写的：

df %>% summarise_at(group_by(df, gene), vars(Fst01, Fst02,Fst12), funs(n(),mean))

但它给了我以下错误：

Error: `.vars` must be a character/numeric vector or a `vars()` object, not list
Call `rlang::last_error()` to see a backtrace

任何帮助，非常感谢，干杯

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

当您使用管道时，左侧的对象作为第一个参数传递给右侧的函数，因此您可以这样做：

df %>% group_by(gene) %>%  summarise_at(vars(Fst01, Fst02,Fst12), funs(n(),mean))

这样group_by的第一个参数是df，summarise_at的第一个参数是df，由gene分组

【讨论】：