计算给定半径内的数组单元的总和

Question

这个问题是在 GIS (ArcMap 10.1) 中的计算需要一个多月的时间来计算（但尚未完成）之后出现的。现在我正在尝试在 R 中找到更快的解决方案。

我有一个约 30,000 x 80,000 个单元格的矩阵，其中每个单元格代表 5x5 平方米。我需要计算每个单元格在给定半径（3000 米）内的单元格中的值的总和。 对于矩阵边缘的单元格，我假设矩阵外的值为 0。

问题是如何定义半径内的单元格。 一定有一个库有这个功能，但我找不到。

有什么建议吗？

Answer 1

您可以测试的一种快速方法是使用extract 并将buffer 设置为3000m，然后在fun 参数中使用sum。您可以按顺序提取栅格中的每个像元编号。但我仍然认为这将花费大量时间。假设您的栅格名为r....

#  in the first instance I would set y to be smallish, like say 1:100 and see how long it takes
extract( r , y = 1:ncell(r) , buffer = 3000 , fun = sum )

现在，raster 包确实内置了一些并行性，通过访问大型、大型、大型多核机器可以通过运行...

beginCluster()
extract( r , y = 1:ncell(r) , buffer = 3000 , fun = sum )
endCluster()

不要忘记将extract 的输出分配给一个变量。