IPython 笔记本和 rmagic/rpy2：找不到模块 ri2py（OSX 10.8.5、python 2.7、R 3.1）答案

【问题标题】：IPython notebook and rmagic/rpy2: cannot find module ri2py (OSX 10.8.5, python 2.7, R 3.1)IPython 笔记本和 rmagic/rpy2：找不到模块 ri2py（OSX 10.8.5、python 2.7、R 3.1）
【发布时间】：2014-07-17 17:07:27
【问题描述】：

我正在尝试使用 IPython 笔记本的 rmagic 扩展，通过 Enthought Canopy 使用 Python 2.7.6。

当我尝试以下示例时：

import numpy as np  
import pylab  
X = np.array([0,1,2,3,4])  
Y = np.array([3,5,4,6,7])  
pylab.scatter(X, Y)

%Rpush X Y  
%R lm(Y~X)$coef

我收到一个错误：

AttributeError                            Traceback (most recent call last)  
<ipython-input-7-96dff2c70ba0> in <module>()
      1 get_ipython().magic(u'Rpush X Y')
----> 2 get_ipython().magic(u'R lm(Y~X)$coef')
…  

/Users/hrob/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in eval(self, line)  
    212             res = ro.r("withVisible({%s})" % line)  
    213             value = res[0] #value (R object)  
--> 214             visible = ro.conversion.ri2py(res[1])[0] #visible (boolean)  
    215         except (ri.RRuntimeError, ValueError) as exception:  
    216             warning_or_other_msg = self.flush() # otherwise next return seems to have copy of error  

AttributeError: 'module' object has no attribute 'ri2py'

我找不到其他人遇到过同样的问题，但我自己也没有足够的知识来解决它。但是，conversion.py 中没有 ri2py 的定义。
我最初安装了 Anaconda 并通过它运行 python notebook，结果完全相同。

rpy2（2.4.0 版）安装成功，但是当我测试它时，我得到 1 个预期失败，如下所示：

python -m 'rpy2.robjects.tests.__init__'  
…  
testNewWithTranslation (testFunction.SignatureTranslatedFunctionTestCase) ... expected failure

我不知道这是否相关。

谁能提出问题可能是什么以及我可以如何解决它？我使用的 python、R 等版本是否兼容，或者我需要重新安装/更新一些东西吗？

【问题讨论】：

标签： r macos ipython rpy2

【解决方案1】：

你在用%load_ext rmagic吗？

如果是这样，请尝试改用%load_ext rpy2.ipython。

这是 2.4.0 版中的 new features 之一。

【讨论】：

是的，我是，现在它正在与 %load_ext rpy2.ipython 合作，感谢您指出这一点。
有了%load_ext rpy2.ipython，我得到ImportError: No module named 'rpy2.ipython # for later IPython versions, e'。安装rpy2时我还有什么需要做的吗？