Jupyter Notebook rpy2 Rmagics：如何设置默认绘图大小？答案

【问题标题】：Jupyter Notebook rpy2 Rmagics: How to set the default plot size?Jupyter Notebook rpy2 Rmagics：如何设置默认绘图大小？
【发布时间】：2017-04-06 07:45:39
【问题描述】：

我在 Jupyter 笔记本中使用 %%R 单元魔法。我知道您可以设置每个单元格的绘图大小，例如：

%%R -w 800 -h 600

但我想为整个 notebook/R 会话设置一个默认值。

我看过the documentation，看过this blog post on the R Jupyter Notebook Kernel，并看过Plot Size - Using ggplot2 in IPython Notebook (via rmagic) 按单元格设置绘图大小，但除非我错过了一些明显的东西，否则似乎没有办法为 R 魔法中的绘图设置默认绘图大小。

这可能吗？是否有隐藏设置，或者必须为每个单元格单独设置-w 和-h？

【问题讨论】：

标签： python r plot jupyter-notebook rpy2

【解决方案1】：

好问题。目前我认为默认设置是 R 默认设置，但使用 jyputer 默认设置是有意义的（如果有的话 - 我需要查一下）。

如果“R 魔法”使用 R 中的默认绘图设置，以下 hack 将起作用。不幸的是它没有。

%%R
my_png <- function(...) {
    lst <- as.list(...)
    if (is.null(lst$w)) {
        lst$w <- 1000 # default width
    }
    if (is.null(lst$h)) {
        lst$h <- 700 # default height
    }
    do.call("png", lst)
}
options(device=my_png)

在 bitbucket 上的 rpy2 跟踪器上打开一个问题以请求该功能是有意义的。

【讨论】：

嗨 lgautier，感谢您的回答，但是到目前为止，该代码还没有运气；我试过lst$w <- 100 和lst$h <- 100 没有效果。删除条件 if (is.null(lst$w/h))s 也不起作用。我想知道 Jupyter/rpy2 默认是否会覆盖 R 设置。
lst$width/list$height 有和没有list$units <- "px" 也不起作用，看过stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/grDevices/html/png.html 并尝试了这些。
确实不行。我查看了 rmagic 中的代码，它没有使用 R 默认值。我正在修改答案。

【解决方案2】：

老问题，但我也有同样的痒，找到了这个页面，然后设法刮了它，所以希望这对某人有用。

解决方法是猴子补丁 rpy2 直接调用 R 的 png 方法，而无需设置默认参数。请注意，这种方法通常是一个坏主意，而且很脆弱，但无法避免。对rpy2 提出功能请求以包含默认参数机制可能是值得的。

所以这里是猴子补丁：

# these are the defaults we want to set:
default_units = 'in' # inch, to make it more easily comparable to matpplotlib
default_res = 100 # dpi, same as default in matplotlib
default_width = 10
default_height = 9
# try monkey-patching a function in rpy2, so we effectively get these
# default settings for the width, height, and units arguments of the %R magic command
import rpy2
old_setup_graphics = rpy2.ipython.rmagic.RMagics.setup_graphics

def new_setup_graphics(self, args):
    if getattr(args, 'units') is not None:
        if args.units != default_units: # a different units argument was passed, do not apply defaults
            return old_setup_graphics(self, args)
    args.units = default_units
    if getattr(args, 'res') is None:
        args.res = default_res
    if getattr(args, 'width') is None:
        args.width = default_width
    if getattr(args, 'height') is None:
        args.height = default_height        
    return old_setup_graphics(self, args)

rpy2.ipython.rmagic.RMagics.setup_graphics = new_setup_graphics

【讨论】：