Jupyter + rpy2 输出到命令提示符而不是笔记本单元格

Question

问题描述

每当在 Jupyter 笔记本中加载 rpy2 时，使用 %%Rcell 魔法执行的 R 代码会打印在命令提示符而不是笔记本单元格中。不过，图表会正确显示在笔记本中。

我还注意到%R 内联魔法可以正常工作，代码按预期打印在单元格中。

安装步骤

1. Python 2.7.11 :: Anaconda 2.5.0（64 位）
2. notebook 4.1.0 通过 pip 安装
3. R 3.3.1 (x64) 位于 Program Files 中
4. rpy2-2.7.8-cp27-none-win_amd64.whl 通过 pip 安装
5. 路径：
   • R_USER = C:\Users\myusername
   • R_HOME = C:\Program Files\R\R-3.3.1
   • 已添加C:\Program Files\R\R-3.3.1\bin\i386

Answer 1

您可以使用RWinOut Jupyter 扩展。以下安装说明取自 GitHub 页面：

您可以从 Jupyter 笔记本单元运行以下 curl 命令，以将文件下载到您的工作目录。您也可以手动下载并自己放在那里。

!curl -O "https://raw.githubusercontent.com/vitorcurtis/RWinOut/master/RWinOut.py"

一旦它在您的工作目录中，您可以将脚本顶部的%load_ext rpy2.ipython 替换为%load_ext RWinOut。然后您应该能够正常看到包含%%R 魔法的单元格的输出。

这不是一个完整的解决方案，但它是一种可能达到相同效果的解决方法。我不确定这是否会破坏某些功能，但它似乎对我来说很好。

测试：

• Windows 10 v.1809 内部版本 17763.503
• Python 3.7.2
• R 3.6.0
• rpy2 2.9.5

另一种选择是使用Windows Subsystem for Linux 并从那里启动您的 Jupyter 笔记本。如果您必须将大量 R 和 Python 包重新安装到不同的环境中，这可能是不可取的，但这样做可以使输出正确打印，而无需这种 hacky 解决方法。