【发布时间】:2020-05-28 21:36:54
【问题描述】:
我正在运行一个名为 RNA Framework 的工具包,它需要安装 ViennaRNA。
我已经安装了ViennaRNA 2.4.14 来运行一个名为rf-fold 的函数,但是,我经常收到这个错误:
[!] Error: ViennaRNA package's Perl module RNA.pm is required.
Please ensure that `ViennaRNA package v2.2.0` (or greater) is installed and try again
当我检查缺少的 RNA.pm 模块时,我可以看到它位于以下路径中:
/home/user/ViennaRNA/lib/site_perl/5.28.0/
当我检查我正在使用哪个 Perl(类型:哪个 Perl)时,它给了我:
/home/user/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/bin/perl
我尝试了不同的方式来安装ViennaRNA,包括conda install -c bioconda viennarna,从官网的ViennaRNA-2.4.14.tar.gz文件编译和make install。但我无法克服这个错误。
我在这里看到了类似的问题并且有一个解决方案(https://www.perlmonks.org/?node_id=1052814),但我并不完全理解内容。提前感谢您的帮助,如果这是一个基本问题,我们深表歉意!
【问题讨论】:
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perl -E "say for @INC"提供了什么。它是否列出了目录/home/user/ViennaRNA/lib/site_perl/5.28.0? -
它说:/home/user/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/lib/site_perl/5.28.0/x86_64-linux-thread-multi /home/user/perl5/ perlbrew/perls/perl-5.28.0/lib/site_perl/5.28.0 /home/user/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/lib/5.28.0/x86_64-linux-thread-multi /home/用户/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/lib/5.28.0
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好的,看来
RNA.pm模块不在@INC中,这意味着您与另一个perl一起安装了它。尝试使用上面打印@INC时使用的perl安装模块 -
请问我应该如何将“/home/user/ViennaRNA/lib/site_perl/5.28.0”添加到列表中?
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您可以运行
perl和-I选项来更改模块搜索路径
标签: perl