【问题标题】:ViennaRNA package's Perl module RNA.pm is requiredViennaRNA 包的 Perl 模块 RNA.pm 是必需的
【发布时间】:2020-05-28 21:36:54
【问题描述】:

我正在运行一个名为 RNA Framework 的工具包,它需要安装 ViennaRNA。

我已经安装了ViennaRNA 2.4.14 来运行一个名为rf-fold 的函数,但是,我经常收到这个错误:

[!] Error: ViennaRNA package's Perl module RNA.pm is required.

Please ensure that `ViennaRNA package v2.2.0` (or greater) is installed and try again

当我检查缺少的 RNA.pm 模块时,我可以看到它位于以下路径中:

/home/user/ViennaRNA/lib/site_perl/5.28.0/

当我检查我正在使用哪个 Perl(类型:哪个 Perl)时,它给了我:

/home/user/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/bin/perl

我尝试了不同的方式来安装ViennaRNA,包括conda install -c bioconda viennarna,从官网的ViennaRNA-2.4.14.tar.gz文件编译和make install。但我无法克服这个错误。

我在这里看到了类似的问题并且有一个解决方案(https://www.perlmonks.org/?node_id=1052814),但我并不完全理解内容。提前感谢您的帮助,如果这是一个基本问题,我们深表歉意!

【问题讨论】:

  • perl -E "say for @INC" 提供了什么。它是否列出了目录/home/user/ViennaRNA/lib/site_perl/5.28.0
  • 它说:/home/user/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/lib/site_perl/5.28.0/x86_64-linux-thread-multi /home/user/perl5/ perlbrew/perls/perl-5.28.0/lib/site_perl/5.28.0 /home/user/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/lib/5.28.0/x86_64-linux-thread-multi /home/用户/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/lib/5.28.0
  • 好的,看来RNA.pm 模块不在@INC 中,这意味着您与另一个perl 一起安装了它。尝试使用上面打印@INC 时使用的perl 安装模块
  • 请问我应该如何将“/home/user/ViennaRNA/lib/site_perl/5.28.0”添加到列表中?
  • 您可以运行 perl-I 选项来更改模块搜索路径

标签: perl


【解决方案1】:

当您下载ViennaRNA-2.4.14.tar.gz 并按照此link 安装时,我认为RNA.pm 随包一起提供。

所以我发现我的 RNA.pm 在目录中: /share/apps/ViennaRNA-2.1.7/compile-install/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi/RNA.pm

我修改了 PERL5LIB 环境变量: export PERL5LIB=/share/apps/ViennaRNA-2.1.7/compile-install/lib/

问题解决了!

【讨论】:

  • 这个链接很有帮助:perlmaven.com/…
  • 很高兴你解决了这个问题。我下载了ViennaRNA 存储库,但我在其中找不到任何RNA.pm 模块,所以我想知道你从哪里得到的文件
  • 我的 RNA.pm 目录是 /share/apps/ViennaRNA-2.1.7/compile-install/lib/site_perl/5.14.2/ 在我的其他计算机中,RNA.pm 是在 /home/user/ViennaRNA/lib/site_perl/5.28.0/。导出两条路径都适合我。希望有帮助!
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